אבחון האוטיזם מדייק את מצבו הנוכחי של הילד ואת תפקודו, והוא הכרחי להתוויית תוכנית טיפול מתאימה וקבלת פרוגנוזה מדויקת ככל הניתן. תוכנית מתאימה תשפר את תפקודו ותסייע לאיכות חייו וחיי משפחתו. חשוב לציין כי מחקרים מצאו שגיל אבחון צעיר מסייע! כלומר, ככל שגיל האבחון מוקדם, ניתן לטפל מוקדם יותר וכך תפקודו של הילד משתפר 2009 Hertz-Picciotto, & Delwiche)). זאת מפני שבגילאים הצעירים המוח עדיין פלסטי וגמיש וכך חלון ההזדמנויות לשינוי גדול יותר.

אוטיזם היא הפרעה נוירו-התפתחותית המלווה את הילד כל חייו. אין כיום טיפול תרופתי המעלים את תסמיני הליבה של האוטיזם. לעיתים קרובות נלוות להפרעה הפרעות פסיכיאטריות, שהשכיחות שבהן כוללות דיכאון, חרדות, הפרעה טורדנית כפייתית והפרעות קשב וריכוז. בהפרעות אלה טיפול תרופתי בהחלט עשוי לסייע.
הטיפולים המוצעים כיום לילדים ונוער עם הפרעות על רצף האוטיזם נועדו להקנות להם כלים לתקשורת חברתית ולהבנה רגשית הדדית, שיאפשרו להם להבין ולתקשר טוב יותר עם סביבתם. הפרוטוקול הטיפולי האופטימאלי מבוסס על שילוב של טיפול פרטני, טיפול קבוצתי, הדרכת הורים והדרכת הצוות החינוכי.
הטיפול הפסיכולוגי בילדים על רצף האוטיזם מבוסס על שילוב של טיפול דינאמי והתנהגותי, שבבסיסו הרחבת מנעד הרגשות וההתנהגויות שהילד חווה ומבטא. זיהוי ו'ייצור' הבעות פנים למשל, יכולת שבאופן תקין מתפתחת בשלב הגיל הרך, היא תחום שצריך ללמד את הילד, ממש כמו שפה זרה לילד אחר.
הטיפול הקבוצתי מבוסס על עידוד התקשורת בקרב קבוצת הילדים, שבאופן טבעי כל אחד מפרטיה נוטה להתכנס בתוך עצמו ובתוך תחומי העניין הייחודיים לו.

הצוות הטיפולי מלמד כיצד ליזום ולפתח שיחה, כיצד לבטא רצונות, וגם איך לריב ולהביע תסכול באופן שילד אחר או מבוגר יבינו רגש הזה. הילדים נתרמים מתהליך שנקרא  .The Social use of language
אחת הטכניקות לעידוד קירבה ותקשורת בקרב הילדים היא צפייה משותפת בסרטים תואמי גיל, משחק קבוצתי, משחקי מחשב שונים, במהלכם כל ילד נחשף לתגובות הרגשיות של חבריו לקבוצה ולתחומי העניין שלהם.

הדרכת ההורים היא מרכיב חשוב בטיפול בילד. אין מדובר בהדרכה שגרתית אלא במתן כלים ספציפיים להורים המאפשרים להם להרחיב את כישורי החברות והתקשורת של ילדיהם ולצמצם התנהגויות חברתיות לא יעילות. כך, הילד והוריו עוברים תהליך טיפולי המתחיל למעשה כבר בשלב האבחון הראשוני, במהלכו הם מבינים מהם הקשיים עימם הם וילדם מתמודדים, ורוכשים כלים מעשיים העוזרים לצמצמם ולהגביר תפקוד חברתי יעיל יותר.

בצוות מרכז ME ביחידה לאבחון וטיפול ברצף האוטיזם חברים גם עובדים סוציאליים קליניים, בעלי התמחות מיוחדת הן בעבודה סוציאלית והן בטיפול נפשי קליני, והם שותפים הן בתהליך ההערכה המשפחתית, הטיפול המערכתי והטיפול הרגשי הפרטני והקבוצתי.
נדבך נוסף של הטיפול מבוסס על תהליך שמובילים מרפאים בעיסוק, שנועד להקנות לילדים כישורי חיים בפעילויות היומיום (ADL) ועצמאות: יכולת ללכת לסופר, לנסוע באוטובוס, לדאוג להיגיינה אישית, ולבצע פעולות המצריכות מוטוריקה עדינה וגסה וויסות חושי.

מאחר ואוטיזם הוא מצב כרוני מורכב, לא נהוג לדבר במונחים של "שיעורי הצלחה" בתיאור אפקטיביות הטיפול. המדד להצלחה הוא במידת השיפור בתפקודו הרגשי-חברתי-תקשורתי של הילד והשיפור ברווחת המשפחה כולה. כאמור, טיפול משולב פרטני וקבוצתי המכוון הן לילד, הן להורים והן למערכת החינוכית, נמצא כיעיל ביותר לתפקודו החברתי של הילד הלוקה באוטיזם.